e-Arşiv Fatura uygulamasından yararlanmak isteyen mükelleflerin öncelikle e-Faturaya geçiş yapması gerekir. e-Fatura, e-Fatura kullanıcısı olan mükelleflere, e-Arşiv ise e-Fatura kullanıcısı olmayan mükelleflere ve nihai tüketici olan müşterilere gönderilir. Yani e-Fatura sadece B2B işletmelerde kullanılırken, e-Arşiv Fatura hem B2B hem de B2C’de kullanılabilir. e-Arşiv Faturanın mükellef kitlesi daha geniştir.
e-Faturada oluşturulan fatura, Gelir İdaresi Başkanlığı (GİB) üzerinden alıcılara ulaştırılırken; e-Arşiv Faturası GİB üzerinden alıcıya ulaştırılmaz. Düzenlenmiş olan e-Arşiv Faturalarının başlık bilgilerini içeren e-Arşiv raporları, günlük olarak GİB’e iletilir.
e-Faturanın kağıda basılı hali hukuki olarak geçerli değilken, e-Arşiv Faturası hem elektronik, hem de kağıda basılı olarak alıcıya gönderilebilir. Alıcı kağıda basılı fatura isterse, faturanın çıktısı alınıp, alıcıya verilebilir.
e-Fatura zorunluluğu 1 Ocak 2014’te yürürlüğe girmişken e-Arşiv Fatura zorunluluğu 1 Ocak 2016’da başlamıştır.